Обрушившаяся на Землю катастрофа, впоследствии названная Вторым ударом, погубила большую часть человечества. После многих лет, ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток Синдзи Икари получает от отца, командующего секретной военной организации NERV, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3, отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — секретного человекоподобного робота. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но увидев, что единственным человеком, способным пилотировать робота, оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.