Первым боевым пилотом Евы становится четырнадцатилетний Икари Синдзи, сын руководителя Nerv Икари Гэндо, — замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий свое отдаление от отца. Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники организации, от которых их высокое начальство скрывает истинный смысл проекта — наступление окончательного конца света.